PCB模块是Protel99 SE的核心模块。Protel99 SE设计功能强大，它可以设计多达32个信号层，16个地电层，16个机械层。清晰的3D图像，让你在加工印制板之前就可以看到PCB板焊上器件的效果。打印预览工具更是想设计者之所想，让你在打印之前就可以看到打印到页面上的位置，并且可以修改打印结果。CAM处理工具帮你轻松解决输出光绘文件和钻孔文件的问题。
智能板框导航
开始一个PCB文件的设计，首先要建立板框，智能板框导航工具帮你快速画出需要的板框图形。在建立PCB封装时，有封装导航，对于建立复杂的PGA、BGA封装变得轻而易举。
Room布局规则
当我们采用层次设计画原理图时，如果用同步设计开始一个PCB文件设计，那么每一个子图会产生一个Room布局规则。利用布局工具条上的放置到Room内，可以快速将属于这个Room中的器件放到Room内。当你移动Room时，属于这个Room的器件将随之移动。利用这种方法可以帮助我们快速调整布局，将需要放在一起的器件找到。
动态长度分析器
在元件移动过程中，不断地对基于连接长度的布局质量进行评估，并用绿色（强）和红色（弱）表示布局质量。
设计规则
规则可以被命名，可以失效，规则可以导入导出，可以浏览，可以高亮。规则定义增加选择功能，规则除了有线宽、线间距、过孔大小限制等之外，还可以定义SMD到地电层的距离限制，SMD的宽度与引线宽度的百分比。在高频高速电路中可以定义布线网张长度，菊花链长度，匹配网络长度，使网络等长，定义两条平行线之间的间距和长度限制。布局规则可以定义元件之间的最小间距，元件是水平放置，还是垂直放置，元件放到顶层或底层。
复制功能
用阵列粘贴可以使复制的器件线性分布或圆形分布。特殊粘贴还能够解决印制板的拚板问题。
元件能够在库之间复制，可以从PCB工作区中选择一批器件复制到PCB库中，也可以从PCB库中选中一批器件复制到PCB工作区中。
修改元件封装
以前我们要想修改PCB中的元件封装，只能到PCB库中修改，现在，我们可以直接对PCB界面内的元件添加、删除焊盘，做成新的PCB封装。
Keepout可以放到任意层上